Marvel: Ultimate Alliance 2 – Fusion é a continuação do aclamado jogo de RPG de ação (estilo Diablo) com protagonistas retirados da série de quadrinhos da Marvel. A jogabilidade atraente e a presença ilustre de inúmeros heróis do panteão Marvel transformaram no título original em um grande sucesso. A nova edição da franquia acompanha os eventos de uma das maiores sagas do universo Marvel, a Guerra Civil. Depois de uma ação desastrosa da equipe de super-heróis, Novos Guerreiros, que acabou vitimando cerca de seiscentas pessoas — entre as quais dezenas de crianças — as já acirradas discussões em torno da Lei de Registro de Super-humanos, que tramitavam pelo congresso nacional estadunidense, ganharam força e aliados de peso, incluindo alguns super-heróis. Em uma sequência de eventos desastrosos o ex-Secretário de Defesa, Anthony Stark (vulgo Homem de Ferro) toma o comando da situação, reunindo membros do Quarteto Fantástico, Thunderbolts e vários Vingadores para garantir a cooperação total com a Lei de Registro de Super-humanos.